Fenykl má léčivé vlastnosti, které mu umožňují uvolňovat křeče hladkého svalstva žaludku a střev. Kromě toho podporuje tvorbu žluči v trávicím traktu. Plody fenyklu jsou oblíbené při léčbě nadýmání, protože usnadňují pohyb střev a mohou vyvolat mírný diuretický účinek.
U žen může fenykl stimulovat tvorbu mléka během laktace a léky na bázi fenyklu se úspěšně používají jako pomocný prostředek při léčbě zpoždění menstruace a menstruačních bolestí. Kromě toho se doporučují při zánětech mléčných žláz.
Fenykl má i další léčivé vlastnosti, například schopnost odstraňovat záněty při onemocnění dýchacích cest.
Zevní použití plodů fenyklu je dáno jejich antimikrobiálními vlastnostmi. Masti, prášky, obklady a koupele z tohoto rostlinného materiálu mohou podpořit rychlé hojení kožních lézí.
Fenykl také pomáhá při léčbě vnějších projevů neurodermatitidy a pustulózních kožních lézí, přičemž má mírný sedativní účinek. Kromě toho se používá při očních onemocněních, protože má antibakteriální účinek a zabraňuje tvorbě hnisavého výtoku.