Fänkål har medicinska egenskaper som gör att den kan slappna av spasmer i de glatta musklerna i magen och tarmarna. Dessutom främjar det gallproduktionen i mag-tarmkanalen. Fänkålsfrukter är populära vid behandling av flatulens, eftersom de underlättar tarmrörelser och kan orsaka en mild diuretisk effekt.
Hos kvinnor kan fänkål stimulera mjölkproduktionen under amning, och fänkålsbaserade läkemedel har framgångsrikt använts som ett hjälpmedel vid behandling av menstruationsfördröjning och menstruationssmärta. Dessutom rekommenderas de för inflammation i bröstkörtlarna.
Fänkål har också andra medicinska egenskaper, såsom förmågan att eliminera inflammation i luftvägssjukdomar.
Användningen av fänkålsfrukter externt beror på deras antimikrobiella egenskaper. Salvor, pulver, kompresser och bad gjorda av detta växtmaterial kan främja snabb läkning av hudskador.
Fänkål hjälper också till vid behandling av yttre manifestationer av neurodermatit och pustulösa hudskador, samtidigt som den har en mild lugnande effekt. Dessutom används det för ögonsjukdomar, eftersom det har antibakteriell effekt och förhindrar bildandet av purulent urladdning.