Fennikel har medisinske egenskaper som lar den slappe av spasmer i de glatte musklene i mage og tarm, og har også en antiemetisk effekt. I tillegg fremmer det produksjonen av galle i mage-tarmkanalen. Fennikelfrukter er populære i behandlingen av flatulens, da de letter tarmens arbeid og kan forårsake en svak vanndrivende effekt.
Hos kvinner kan fennikel stimulere melkeproduksjonen under amming, og fennikelbaserte medisiner har med hell blitt brukt som et tillegg i behandlingen av menstruasjonsforsinkelse og smerter under menstruasjon. I tillegg anbefales de for betennelse i brystkjertlene.
Fennikel har også andre medisinske egenskaper, som dens evne til å redusere betennelse i luftveissykdommer, inkludert kikhoste, astma, bronkitt og lungebetennelse.
Bruken av fennikelfrukter eksternt skyldes deres antimikrobielle egenskaper. Salver, pulver, kompresser, bad laget av dette plantematerialet kan fremme rask helbredelse av hudlesjoner, som dermatitt, psoriasis, eksem og furunkulose. Fennikel hjelper også i behandlingen av ytre manifestasjoner av nevrodermatitt og pustulære hudlesjoner, samtidig som den har en beroligende sedativ effekt. I tillegg brukes det til øyesykdommer, da det har en antibakteriell effekt og forhindrer dannelsen av purulente sekreter.
