Kořeny a oddenky kozlíku lékařského se používají k léčebným účelům. Tyto části rostliny se sbírají od července do října, kdy je podzemní část kozlíku nasycena účinnými látkami. Kozlík lékařský se používá k léčbě různých poruch, jako jsou neurózy, nespavost, migrény, hypertenze, hysterie a hypertyreóza.
Léky na bázi této rostliny jsou účinné při uvolňování křečí v trávicím traktu. Kozlík lékařský se také používá ke zlepšení stavu žen při návalech horka v období menopauzy. Jako pomocný prostředek se předepisuje při léčbě neurodermitidy. Přes své sedativní vlastnosti a schopnost tlumit centrální nervový systém.
Účinek kozlíku zahrnuje nejen centrální nervovou soustavu, ale i další tělesné orgány. Tato léčivá rostlina ovlivňuje srdeční činnost a přispívá k její normalizaci. Látky obsažené v kořeni kozlíku lékařského také ničí účinek kofeinu a éterický olej z rostliny zvyšuje účinek hypnotik.
Jedna ze složek, borneol, obsažená v přípravcích z kozlíku lékařského, zlepšuje prokrvení srdce, snižuje stres a únavu organismu. Současně je uklidňující účinek užívání léků na bázi kozlíku postupný a jemný.