Šišák bajkalský má celou řadu příznivých vlastností, včetně antivirových, protizánětlivých, antioxidačních, neuroprotektivních, hepatoprotektivních, hemostatických, antikonvulzivních, protinádorových a diuretických. Pomáhá také snižovat krevní tlak a zabraňuje šíření metastáz, má antibakteriální a antimykotické vlastnosti.
V rámci antimikrobiálního působení vykazuje lebeda bajkalská výraznou antivirovou aktivitu, bojuje proti chřipce A (H1N1, H3N2), chřipce B, viru Sendai, HIV-1, hepatitidě A, hepatitidě B (včetně jejích rezistentních forem), hepatitidě C, kolifágu MS2, lidskému respiračnímu syncytiálnímu viru a viru vezikulární stomatitidy.
V oblasti antibakteriálního působení rostlina ovlivňuje různé druhy bakterií a hub, jako jsou Bacillus subtilis, Bacteroides malaninogenicus, Candida albicans, Chlamydia trachomatis, Corynebacterium xerosis, Escherichia coli, Enterococcus faecalis, Helicobacter pylori, Klebsiella pneumoniae, Kytococcus sedentarius, Lactobacillus plantarum, Microsporum audouinii, Microsporum canis, Mycobacterium smegmatis, Mycobacterium tuberculosis, Neisseria meningitidis, Proteus vulgaris, Salmonella spp. , Shigella spp, Staphylococcus spp., Streptococcus spp., Toxoplasma gondii, Vibrio cholerae. Je důležité poznamenat, že antibakteriální účinek této rostliny je mírný. Hlavním využitím lebedy jsou její vlastnosti jako antivirotika.
Šišák bajkalský je účinným prostředkem při léčbě infekcí dýchacích cest, zápalu plic, infekcí centrálního nervového systému (meningitida, encefalitida, mykoplazmata, borelie atd. ), horeček, poruch trávicího systému a doprovodných zánětlivých procesů, průjmu a úplavice, zánětů jater a ledvin, infekcí močového systému, nervových poruch, poruch spánku, křečí, epileptických záchvatů a jako podpůrná léčba při nádorových onemocněních.