Timjan har ett brett spektrum av välgörande egenskaper. Den har en diaforetisk, kramplösande, slemlösande och antiinflammatorisk effekt och kan användas som antitussiv, sårläkande, desinficerande och antireumatiskt medel. Timjan hjälper också till att lugna nervsystemet och kan hämma tillväxten av kockmikroflora och patogena svampar.
Timjanbaserade produkter förbättrar bukspottkörtelns funktion, stimulerar matsmältningssystemet och ökar aptiten. De är särskilt användbara för personer med låg magsyra och duodenalsår.
På grund av sina stimulerande egenskaper för cilierat epitel och bakteriedödande effekt används timjan dessutom vid behandling av lungsjukdomar och inflammationer i övre luftvägarna, såsom kikhosta, bronkit, bronkialastma och ARI. Det rekommenderas också för behandling av tonsillit och spasmodisk hosta.
Inom tandvården används timjanbaserade produkter för sköljning av munsår, alveolär pyorré och andra inflammatoriska sjukdomar.
I populärmedicin används timjanavkok för internt bruk som ett botemedel mot flatulens samt för att minska buksvullnad. Det används också för att behandla gastrointestinala sjukdomar, nervösa störningar, sömnlöshet, diabetes mellitus, trötthet och urininkontinens nattetid. Timjan är en del av den komplexa behandlingen av takykardi, som är förknippad med hormonella störningar.