Fenchel hat medizinische Eigenschaften, die es ihm ermöglichen, Krämpfe der glatten Muskeln des Magens und des Darms zu entspannen. Außerdem fördert er die Produktion von Gallenflüssigkeit im Magen-Darm-Trakt. Fenchelfrüchte sind bei der Behandlung von Blähungen beliebt, da sie den Stuhlgang erleichtern und eine leicht harntreibende Wirkung haben können.
Bei Frauen kann Fenchel die Milchproduktion während der Stillzeit anregen, und Arzneimittel auf Fenchelbasis wurden erfolgreich zur Behandlung von Menstruationsverzögerungen und Menstruationsschmerzen eingesetzt. Darüber hinaus werden sie bei Entzündungen der Brustdrüsen empfohlen. Fenchel hat auch andere medizinische Eigenschaften, wie zum Beispiel die Fähigkeit, Entzündungen bei Atemwegserkrankungen zu beseitigen. Die äußerliche Anwendung von Fenchelfrüchten ist auf ihre antimikrobiellen Eigenschaften zurückzuführen. Aus diesem Pflanzenmaterial hergestellte Salben, Pulver, Umschläge und Bäder können die schnelle Heilung von Hautverletzungen fördern.
Fenchel hilft auch bei der Behandlung der äußeren Erscheinungsformen von Neurodermitis und pustulösen Hautläsionen und wirkt dabei leicht beruhigend. Darüber hinaus wird er bei Augenkrankheiten eingesetzt, da er antibakteriell wirkt und die Bildung von eitrigem Ausfluss verhindert.