El tomillo posee una amplia gama de propiedades beneficiosas. Tiene efecto diaforético, antiespasmódico, expectorante y antiinflamatorio, y puede utilizarse como antitusivo, cicatrizante, desinfectante y antirreumático. El tomillo también ayuda a calmar el sistema nervioso y puede inhibir el crecimiento de la microflora cocal y de hongos patógenos.
Los productos a base de tomillo mejoran la función pancreática, estimulan el sistema digestivo y aumentan el apetito. Son especialmente útiles para las personas con baja acidez gástrica y úlceras duodenales.
Además, por sus propiedades estimulantes del epitelio ciliar y su efecto bactericida, el tomillo se utiliza en el tratamiento de enfermedades pulmonares e inflamaciones de las vías respiratorias superiores, como la tos ferina, la bronquitis, el asma bronquial y la IRA. También se recomienda para el tratamiento de la amigdalitis y la tos espasmódica.
En odontología, los productos a base de tomillo se utilizan en enjuagues para úlceras bucales, piorrea alveolar y otras enfermedades inflamatorias.
En medicina popular, la decocción de tomillo se utiliza para uso interno como remedio para la flatulencia, así como para reducir la hinchazón abdominal. También se utiliza para tratar enfermedades gastrointestinales, trastornos nerviosos, insomnio, diabetes mellitus, fatiga e incontinencia urinaria nocturna. El tomillo forma parte de la terapia compleja de la taquicardia, asociada a trastornos hormonales.